Universal Informatics · Research reading room

Do regular Fibonacci sequences, M9 P24 including Alpha, Beta, Gamma and Epsilon, and Phi Ratio help predict transcription factor binding around OXTR?

The agent completed a comparison of ordinary DNA binding-pattern and spacing features, with and without Fibonacci/Phi Ratio features. It learned on chromosome 1, chose the method on chromosome 2 and tested OXTR on chromosome 3, without seeing OXTR laboratory answers during learning or selection. The agent also prepared a new matched pair of DNA windows: one overlapping a reported CTCF peak and one comparison window. For each, it compiled the same DNA eight ways—ordinary, Fibonacci, Phi Ratio, Alpha, Beta, Gamma, Epsilon and shuffled controls—and completed 16 local CUDA-Q CPU checks.

There is no demonstrated benefit yet for predicting binding around OXTR. Adding Fibonacci and Phi Ratio features gave an inconclusive result. The new classical test did not evaluate biological prediction by M9 P24 Alpha, Beta, Gamma or Epsilon. This pilot concerns CTCF, one DNA-binding protein measured in one stem-cell context, not transcription factors generally.

At OXTR, average precision rose from 0.0719 to 0.0739. This is a ranking score, not percent accuracy. The uncertainty range for the change extended from −0.0263 to +0.0082, leaving benefit unresolved; the noisy increase establishes no advantage. The pilot covered only five OXTR peak regions and used laboratory data with quality warnings. Saved CUDA-Q/Aquila readings describe programmed atom excitation, not binding probabilities; the two saved samples overlap none of those peaks, so they do not validate binding prediction. The new matched pair checks programs, not predictive performance.

A larger quantum prediction test still needs more matched quantum measurements linked to laboratory binding results, and a larger independent biological test remains necessary. Today’s instruction prohibits new Aquila submissions; none were made, and no new quantum jobs were submitted. Fresh device validation and explicit allowance are required before Aquila submission; new paid qBraid work also lacks a credit allowance. This is an automated preliminary report, with Gemini oversight deferred. The inconclusive result usefully separates completed program checks from evidence of predictive benefit.

Experiment oxtr-agent-follow-through-pilot · revision r1

Complete experiment JSON · Complete experiment CSV

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schema

universal-informatics/experiment/v1

experiment id

oxtr-agent-follow-through-pilot

status

completed

question

Do regular Fibonacci sequences, M9 P24 including Alpha, Beta, Gamma and Epsilon, and Phi Ratio help predict transcription factor binding around OXTR?

phase

exploratory_classical_prediction_and_local_cudaq_preparation

methods

version

oxtr-follow-through-v1

cohort

version

oxtr-follow-through-v1

analysis code sha256

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assay

ENCSR932ZMX

factor

CTCF

cell

GM23338 iPSCs

assembly

GRCh38

sampling

32 peak-centred and 32 nearby non-peak windows per development chromosome; all 152 fixed OXTR windows for evaluation. Non-peak means no peak reported in this assay, not proven absence.

qc

Antibody characterization exemption · Low read depth · Bottlenecking and library complexity warnings

sources

kind
GRCh38 DNA
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https://api.genome.ucsc.edu/getData/sequence
kind
ENCODE peaks
sha256
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source
https://www.encodeproject.org/files/ENCFF651DQL/
kind
JASPAR motif library
sha256
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source
https://jaspar.elixir.no/matrix/MA0139.2/
kind
GRCh38 DNA chr1
sha256
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source
https://api.genome.ucsc.edu/getData/sequence?genome=hg38;chrom=chr1;start=10032536;end=10708035
kind
GRCh38 DNA chr2
sha256
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source
https://api.genome.ucsc.edu/getData/sequence?genome=hg38;chrom=chr2;start=10020094;end=10310877

selection frozen before scores

true

model selection

Use chr1 for learning, chr2 to choose a fixed candidate, then evaluate chr3/OXTR once. No OXTR labels enter fitting or candidate selection.

primary measure

Average precision: how often regions ranked as likely binding regions match the laboratory peak map.

limits

Small pilot with five OXTR peak regions; descriptive results, not an independent confirmation. · Local background selection and one cell context limit generalisation. · No accessibility-matched negative set or ENCODE blacklist filtering in this pilot. · Additional hardware and population-wide inference are outside this task.

model candidates

ordinary motif and spacing

selected model

random forest

validation candidates

name
logistic C=0.1
validation average precision
0.9046791083103668
name
logistic C=1
validation average precision
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name
logistic C=10
validation average precision
0.9200778321905081
name
random forest
validation average precision
0.9296159815133493

validation average precision

0.9296159815133493

OXTR average precision

0.0719144453117206

OXTR roc auc

0.5963541666666667

with Fibonacci and Phi Ratio

selected model

random forest

validation candidates

name
logistic C=0.1
validation average precision
0.9098333461479924
name
logistic C=1
validation average precision
0.9245496005487566
name
logistic C=10
validation average precision
0.9110348608488567
name
random forest
validation average precision
0.9291072679012629

validation average precision

0.9291072679012629

OXTR average precision

0.07390237208980502

OXTR roc auc

0.6145833333333334

code sha256

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inputs

chrom
chr1
start
10032536
end
10032792
split
development
label
1
id
chr1-10032536-10032792
dna sha256
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motif hits
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gaps
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vector
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fibonacci vector
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phi vector
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dna sequence
GCTTAGGCGGCGGGCGCGCACAGTCCAGTGGGAGCGATGAGGTGTTTCTAGGCCCCCAAGTCACAGAAAAGCAGGCGATTGGGAACAACGGAGGCGCGGCGGGCCCCCGGGCCGCGGGCCAGCGCCACCTTCTGGTGGATCTTCCCCGACGCGAGTCTGGGAGTCGTCCCTCCCCTTGCCAGCCTACCTGGCTCAGGCCCGCCGCGCCCGCAGCCCCAGCGCGGTCGCCGTGGCAACGCCCCGCCCAGCCGCCAGC
chrom
chr1
start
10033560
end
10033816
split
development
label
0
id
chr1-10033560-10033816
dna sha256
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motif hits
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gaps
52 · 55 · 23 · 58
vector
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fibonacci vector
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phi vector
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dna sequence
TTCGGGGGACCAGACAGCCTGATAGACACCTTCCACTCTCCTTCCTCCCGCCGTGGTCTCGAGAACAGAAGGATCTCTCCTTAACGCCTTTCACCATTAAGAGGAAAGCGATGGAGGAGCTGAGCGCTGATGAGGTGAGGAGGTTGGGGGACACCTTGAGGGATTAGTTGGCAACTCGTTAGCGCTTTGGACAGGGATGGTATTGCGCCAGTGCTGTCTGGCCTTTGGGCTTGGAGAAGGAACGGAGATGATATTT
chrom
chr1
start
10034465
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10034721
split
development
label
1
id
chr1-10034465-10034721
dna sha256
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motif hits
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gaps
17 · 42 · 35 · 16 · 76
vector
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fibonacci vector
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dna sequence
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chrom
chr1
start
10035489
end
10035745
split
development
label
0
id
chr1-10035489-10035745
dna sha256
37674f9fea9fa596e5add03930cc7fd4fa92a854e82a2eb74fdf480b01ffbe78
motif hits
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gaps
101
vector
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fibonacci vector
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dna sequence
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chrom
chr1
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10065748
split
development
label
1
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motif hits
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38 · 15 · 15 · 16 · 25 · 22 · 20
vector
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dna sequence
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chrom
chr1
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10066516
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10066772
split
development
label
0
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chr1-10066516-10066772
dna sha256
f349c6d60d9e106c926593277003f6831acb5d6f0bdac4f7314c10a4e8680c0e
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ACAGGTAAATGTACAGGCCCTGGAATCAACGTTGTATGGGGGAGTCATGCAGACTTGGATTTAAATCTGGATGCCACCACATACTAACAGTATTACCTTGAGTGACAGCGCCAATCTCACTGTGCCTCAATTAACCTGACTCACAAATGGGAATGAGTTTCCCATTTGTGTAATACCCATGTTTTCAGTTACTGTGGCTACATAGCAAGTTGCCCTAAAGTGTAGTGTTTTCAAACTTATTTTGCTCATGAAACTG

measurements

classical

version

oxtr-follow-through-v1

counts

development

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validation

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OXTR test

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models

ordinary motif and spacing

selected model

random forest

validation candidates

name
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name
random forest
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validation average precision

0.9296159815133493

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with Fibonacci and Phi Ratio

selected model

random forest

validation candidates

name
logistic C=0.1
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name
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name
logistic C=10
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name
random forest
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validation average precision

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bootstrap valid replicates

999

verdict

inconclusive

positive result rule

The added features improve average precision and the block-resampled interval remains above zero. This small pilot still needs a fresh independent dataset.

negative result rule

An interval below zero is discouraging for this recipe; an interval spanning zero leaves benefit unresolved.

test prevalence

0.05263157894736842

predictions

sample
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sample
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sample
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sample
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sample
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sample
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sample
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sample
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sample
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ordinary score
0.617835851042662
Fibonacci Phi score
0.6465602785372522
motif hits
10
fibonacci gap signal
0.2777777777777778
phi gap signal
0.07673275590257331
sample
chr3-8753152-8753408
start
8753152
end
8753408
reported CTCF peak
0
ordinary score
0.29587749575864236
Fibonacci Phi score
0.306211915289629
motif hits
7
fibonacci gap signal
0
phi gap signal
0
sample
chr3-8753408-8753664
start
8753408
end
8753664
reported CTCF peak
0
ordinary score
0.23536862221885438
Fibonacci Phi score
0.23758692879758528
motif hits
8
fibonacci gap signal
0
phi gap signal
0.4232922352687213
sample
chr3-8753664-8753920
start
8753664
end
8753920
reported CTCF peak
0
ordinary score
0.5187922376430049
Fibonacci Phi score
0.46501777167714636
motif hits
5
fibonacci gap signal
0.125
phi gap signal
0
sample
chr3-8753920-8754176
start
8753920
end
8754176
reported CTCF peak
0
ordinary score
0.2666486711057447
Fibonacci Phi score
0.2716479300132143
motif hits
6
fibonacci gap signal
0
phi gap signal
0
sample
chr3-8754176-8754432
start
8754176
end
8754432
reported CTCF peak
0
ordinary score
0.38682028702618704
Fibonacci Phi score
0.3630043429334831
motif hits
9
fibonacci gap signal
0.125
phi gap signal
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sample
chr3-8754432-8754688
start
8754432
end
8754688
reported CTCF peak
0
ordinary score
0.2628606172273869
Fibonacci Phi score
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motif hits
8
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sample
chr3-8754688-8754944
start
8754688
end
8754944
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
4
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0
phi gap signal
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sample
chr3-8754944-8755200
start
8754944
end
8755200
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
1
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0
sample
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start
8755200
end
8755456
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0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
6
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0
phi gap signal
0
sample
chr3-8755456-8755712
start
8755456
end
8755712
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0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
5
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sample
chr3-8755712-8755968
start
8755712
end
8755968
reported CTCF peak
1
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
3
fibonacci gap signal
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0
sample
chr3-8755968-8756224
start
8755968
end
8756224
reported CTCF peak
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ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
7
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sample
chr3-8756224-8756480
start
8756224
end
8756480
reported CTCF peak
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ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
4
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sample
chr3-8756480-8756736
start
8756480
end
8756736
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
5
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0
sample
chr3-8756736-8756992
start
8756736
end
8756992
reported CTCF peak
1
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
5
fibonacci gap signal
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phi gap signal
0
sample
chr3-8756992-8757248
start
8756992
end
8757248
reported CTCF peak
1
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
6
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0
sample
chr3-8757248-8757504
start
8757248
end
8757504
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0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
1
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0
sample
chr3-8757504-8757760
start
8757504
end
8757760
reported CTCF peak
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ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
4
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0
sample
chr3-8757760-8758016
start
8757760
end
8758016
reported CTCF peak
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ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
8
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sample
chr3-8758016-8758272
start
8758016
end
8758272
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
6
fibonacci gap signal
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0
sample
chr3-8758272-8758528
start
8758272
end
8758528
reported CTCF peak
0
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motif hits
5
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sample
chr3-8758528-8758784
start
8758528
end
8758784
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
4
fibonacci gap signal
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0
sample
chr3-8758784-8759040
start
8758784
end
8759040
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
7
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phi gap signal
0
sample
chr3-8759040-8759296
start
8759040
end
8759296
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
2
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0
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0
sample
chr3-8759296-8759552
start
8759296
end
8759552
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
5
fibonacci gap signal
0
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0
sample
chr3-8759552-8759808
start
8759552
end
8759808
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
5
fibonacci gap signal
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sample
chr3-8759808-8760064
start
8759808
end
8760064
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
7
fibonacci gap signal
0.08333333333333333
phi gap signal
0
sample
chr3-8760064-8760320
start
8760064
end
8760320
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
6
fibonacci gap signal
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0
sample
chr3-8760320-8760576
start
8760320
end
8760576
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
8
fibonacci gap signal
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sample
chr3-8760576-8760832
start
8760576
end
8760832
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
0.42971501191992617
motif hits
7
fibonacci gap signal
0
phi gap signal
0
sample
chr3-8760832-8761088
start
8760832
end
8761088
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
8
fibonacci gap signal
0.21428571428571427
phi gap signal
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sample
chr3-8761088-8761344
start
8761088
end
8761344
reported CTCF peak
0
ordinary score
0.5435414373735178
Fibonacci Phi score
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motif hits
4
fibonacci gap signal
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phi gap signal
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sample
chr3-8761344-8761600
start
8761344
end
8761600
reported CTCF peak
0
ordinary score
0.5270402457803595
Fibonacci Phi score
0.4582732961480494
motif hits
7
fibonacci gap signal
0
phi gap signal
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sample
chr3-8761600-8761856
start
8761600
end
8761856
reported CTCF peak
0
ordinary score
0.519015711247387
Fibonacci Phi score
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motif hits
9
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0
phi gap signal
0
sample
chr3-8761856-8762112
start
8761856
end
8762112
reported CTCF peak
0
ordinary score
0.5497555664976541
Fibonacci Phi score
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motif hits
8
fibonacci gap signal
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phi gap signal
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sample
chr3-8762112-8762368
start
8762112
end
8762368
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
0.43541425246244303
motif hits
6
fibonacci gap signal
0
phi gap signal
0.23317227622725611
sample
chr3-8762368-8762624
start
8762368
end
8762624
reported CTCF peak
0
ordinary score
0.47366671067384414
Fibonacci Phi score
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motif hits
7
fibonacci gap signal
0
phi gap signal
0
sample
chr3-8762624-8762880
start
8762624
end
8762880
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
5
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0
phi gap signal
0
sample
chr3-8762880-8763136
start
8762880
end
8763136
reported CTCF peak
0
ordinary score
0.7602018540613825
Fibonacci Phi score
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motif hits
6
fibonacci gap signal
0.1
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0
sample
chr3-8763136-8763392
start
8763136
end
8763392
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
7
fibonacci gap signal
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sample
chr3-8763392-8763648
start
8763392
end
8763648
reported CTCF peak
0
ordinary score
0.23359013517143482
Fibonacci Phi score
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motif hits
3
fibonacci gap signal
0.5
phi gap signal
0
sample
chr3-8763648-8763904
start
8763648
end
8763904
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
5
fibonacci gap signal
0
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0
sample
chr3-8763904-8764160
start
8763904
end
8764160
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
7
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sample
chr3-8764160-8764416
start
8764160
end
8764416
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
8
fibonacci gap signal
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phi gap signal
0
sample
chr3-8764416-8764672
start
8764416
end
8764672
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
0.42757988227777793
motif hits
6
fibonacci gap signal
0
phi gap signal
0
sample
chr3-8764672-8764928
start
8764672
end
8764928
reported CTCF peak
0
ordinary score
0.3088407059271998
Fibonacci Phi score
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motif hits
6
fibonacci gap signal
0.1
phi gap signal
0
sample
chr3-8764928-8765184
start
8764928
end
8765184
reported CTCF peak
0
ordinary score
0.21039447513831344
Fibonacci Phi score
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motif hits
7
fibonacci gap signal
0.08333333333333333
phi gap signal
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sample
chr3-8765184-8765440
start
8765184
end
8765440
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
4
fibonacci gap signal
0
phi gap signal
0
sample
chr3-8765440-8765696
start
8765440
end
8765696
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
7
fibonacci gap signal
0.16666666666666666
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0.05410196624968451
sample
chr3-8765696-8765952
start
8765696
end
8765952
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
6
fibonacci gap signal
0.2
phi gap signal
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sample
chr3-8765952-8766208
start
8765952
end
8766208
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
6
fibonacci gap signal
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phi gap signal
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sample
chr3-8766208-8766464
start
8766208
end
8766464
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
9
fibonacci gap signal
0
phi gap signal
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sample
chr3-8766464-8766720
start
8766464
end
8766720
reported CTCF peak
0
ordinary score
0.3792417824531811
Fibonacci Phi score
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motif hits
7
fibonacci gap signal
0
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chr3-8766720-8766976
start
8766720
end
8766976
reported CTCF peak
0
ordinary score
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6
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8766976
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8767232
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motif hits
7
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8767232
end
8767488
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0
ordinary score
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motif hits
6
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sample
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8767488
end
8767744
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motif hits
7
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sample
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8767744
end
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8
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sample
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8768000
end
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motif hits
7
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motif hits
7
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sample
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8768512
end
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motif hits
7
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0
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5
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sample
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end
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7
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sample
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8769280
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motif hits
5
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0
sample
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ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
6
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sample
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8769792
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8770048
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1
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sample
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motif hits
3
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0
sample
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8770304
end
8770560
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motif hits
5
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0
sample
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start
8770560
end
8770816
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ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
6
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phi gap signal
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sample
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start
8770816
end
8771072
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0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
6
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0
sample
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8771328
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ordinary score
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4
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0
sample
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8771328
end
8771584
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4
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sample
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end
8771840
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0
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motif hits
4
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0
phi gap signal
0
sample
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Fibonacci Phi score
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motif hits
4
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sample
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8772352
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0
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4
fibonacci gap signal
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0
sample
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8772352
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8772608
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motif hits
4
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8772864
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4
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0
sample
chr3-8772864-8773120
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8772864
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8773120
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0
ordinary score
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motif hits
4
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0
sample
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8773120
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8773376
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0
ordinary score
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0
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sample
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8773376
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8773632
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2
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0
sample
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8773632
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6
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8773888
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6
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sample
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sample
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sample
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8775168
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2
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phi gap signal
0
sample
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8775168
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8775424
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0
sample
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8775424
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8775680
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4
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0
sample
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8775680
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6
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sample
chr3-8775936-8776192
start
8775936
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8776192
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0
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6
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sample
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8776192
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8776448
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sample
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sample
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8776704
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3
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sample
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8777216
reported CTCF peak
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5
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sample
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0
sample
chr3-8777472-8777728
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8777472
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8777728
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6
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8777728
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0
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7
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sample
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start
8777984
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8778240
reported CTCF peak
0
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sample
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0
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motif hits
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sample
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start
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8778752
reported CTCF peak
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motif hits
8
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sample
chr3-8778752-8779008
start
8778752
end
8779008
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
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motif hits
6
fibonacci gap signal
0.1
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0
sample
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start
8779008
end
8779264
reported CTCF peak
0
ordinary score
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motif hits
7
fibonacci gap signal
0
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0
sample
chr3-8779264-8779520
start
8779264
end
8779520
reported CTCF peak
0
ordinary score
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Fibonacci Phi score
0.17693877712619777
motif hits
4
fibonacci gap signal
0
phi gap signal
0

limits

Small pilot with five OXTR peak regions; descriptive results, not an independent confirmation. · Local background selection and one cell context limit generalisation. · No accessibility-matched negative set or ENCODE blacklist filtering in this pilot. · Additional hardware and population-wide inference are outside this task.

quantum prediction status

Not evaluated: the two DNA samples with saved Aquila measurements do not overlap the five CTCF peak regions. They cannot train or test a binding predictor.

local cudaq

version

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c6

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0 · 5
1 · 2
1 · 3
1 · 4
1 · 5
2 · 3
2 · 4
2 · 5
3 · 4
3 · 5
4 · 5

units

time microseconds in numerical reference; AHS uses seconds and rad/s

basis

site 0 is least-significant bit

hamiltonian dimension

64

hermitian

true

cases

id
chr3-8742912-8743168-ordinary
sample
chr3-8742912-8743168
reported CTCF peak
1
representation
ordinary
execution
cudaq-cpu
reference observables
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cudaq observables
0.1910668245752858 · 0.1909590977996912 · 0.19095909779969042 · 0.19106682457528607 · 0.1911278205213229 · 0.1911278205213225 · 0.00497867973953752 · 0.0285015628193882 · 0.10507759698672936 · 0.028559723177980355 · 0.005211919159772314 · 0.0051283342621373535 · 0.028501562819388187 · 0.1050696844421672 · 0.02853092941504909 · 0.004978679739537515 · 0.028530929415049158 · 0.10506968444216672 · 0.005211919159772311 · 0.028559723177980355 · 0.005072300960542643
max export observable error
0.00001814456321209773
max implementation probability error
1.5931700403370996e-14
qasm gate count
35676
qasm sha256
4ff419d337c19045fb04d6b8eae39c8ab1be37e085703b7c0fdb21081e8c4098
ahs sha256
ed8ddda57b2a217d1a5190982888a1e3d03618a6882e243a5ffada4c1913f482
pulse
times us
0 · 0.275 · 0.425 · 0.575 · 0.725 · 0.875 · 1.025 · 1.175 · 1.325 · 1.475 · 1.625 · 1.775 · 1.925 · 2.075 · 2.225 · 2.375 · 2.525 · 2.675 · 2.825 · 2.975 · 3.125 · 3.275 · 3.425 · 3.575 · 3.725 · 4
detuning rad per us
-4 · -4 · 0.5532056 · 0.8968956000000001 · 0.8685622000000001 · -4 · 1.1311816000000001 · -4 · 0.656362 · -4 · 0.7153336000000001 · -4 · 0.5961898 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · 2.4 · -0.55 · -3.8996078 · -1.2 · 1.4857142 · -3.1041666 · 1.1311816000000001 · 1.1311816000000001
id
chr3-8742912-8743168-fibonacci
sample
chr3-8742912-8743168
reported CTCF peak
1
representation
fibonacci
execution
cudaq-cpu
reference observables
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cudaq observables
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max export observable error
0.000031857500037775824
max implementation probability error
1.3572476476042539e-14
qasm gate count
35676
qasm sha256
0b547a952b1a78237917d875e2b22266acff1742c7ac2afa300a1fb96a9ca5bd
ahs sha256
97c2c5ced8bc0813aca994cdb93a638a5b4b42504ad06ba317530fc34e3247f8
pulse
times us
0 · 0.275 · 0.425 · 0.575 · 0.725 · 0.875 · 1.025 · 1.175 · 1.325 · 1.475 · 1.625 · 1.775 · 1.925 · 2.075 · 2.225 · 2.375 · 2.525 · 2.675 · 2.825 · 2.975 · 3.125 · 3.275 · 3.425 · 3.575 · 3.725 · 4
detuning rad per us
-4 · -4 · 0.5532056 · 0.8968956000000001 · 0.8685622000000001 · -4 · 1.1311816000000001 · -4 · 0.656362 · -4 · 0.7153336000000001 · -4 · 0.5961898 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · -2.4 · -0.55 · -3.8996078 · -1.2 · 1.4857142 · -3.1041666 · 1.1311816000000001 · 1.1311816000000001
id
chr3-8742912-8743168-phi
sample
chr3-8742912-8743168
reported CTCF peak
1
representation
phi
execution
cudaq-cpu
reference observables
0.25745038128748854 · 0.2572187638586093 · 0.2572187638586092 · 0.25745038128748865 · 0.2577678816648504 · 0.25776788166485054 · 0.00882971392210771 · 0.10570628740674358 · 0.06982502766078538 · 0.1058749908612779 · 0.009257065518448236 · 0.009078052011886596 · 0.10570628740674363 · 0.06985633736508864 · 0.10580447733522827 · 0.008829713922107692 · 0.10580447733522821 · 0.06985633736508863 · 0.009257065518448262 · 0.10587499086127795 · 0.009098390503767777
cudaq observables
0.25748683532815386 · 0.2572550624585984 · 0.25725506245859864 · 0.2574868353281538 · 0.25780449924768534 · 0.25780449924768445 · 0.008811173757440543 · 0.10570831733309517 · 0.06985526214457931 · 0.10587717740514685 · 0.00923838085198143 · 0.009059286295722349 · 0.10570831733309505 · 0.06988656840089279 · 0.10580656585371456 · 0.008811173757440505 · 0.10580656585371517 · 0.06988656840089272 · 0.009238380851981441 · 0.10587717740514659 · 0.009079887793485598
max export observable error
0.00003660459427669349
max implementation probability error
1.099120794378905e-14
qasm gate count
35676
qasm sha256
264fdc38306c60319b5b98a623b966a6f506f53d3b3009e7b025dcac6ecb5274
ahs sha256
a9edc973bb12dcb11633ba3521cc755fa986ff8c1869867a01f908b28632032c
pulse
times us
0 · 0.275 · 0.425 · 0.575 · 0.725 · 0.875 · 1.025 · 1.175 · 1.325 · 1.475 · 1.625 · 1.775 · 1.925 · 2.075 · 2.225 · 2.375 · 2.525 · 2.675 · 2.825 · 2.975 · 3.125 · 3.275 · 3.425 · 3.575 · 3.725 · 4
detuning rad per us
-4 · -4 · 0.5532056 · 0.8968956000000001 · 0.8685622000000001 · -4 · 1.1311816000000001 · -4 · 0.656362 · -4 · 0.7153336000000001 · -4 · 0.5961898 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · -0.55 · -3.8996078 · -1.2 · 1.4857142 · -3.1041666 · 1.1311816000000001 · 1.1311816000000001
id
chr3-8742912-8743168-alpha
sample
chr3-8742912-8743168
reported CTCF peak
1
representation
alpha
execution
cudaq-cpu
reference observables
0.1828337486556286 · 0.1827911233254586 · 0.1827911233254588 · 0.1828337486556284 · 0.182823567911611 · 0.18282356791161092 · 0.0031224535172771494 · 0.028146703233164577 · 0.08420341316466741 · 0.028162758042883512 · 0.0032444217447716622 · 0.0032162373135839963 · 0.02814670323316453 · 0.08419082818358926 · 0.02815883277368619 · 0.003122453517277155 · 0.028158832773686207 · 0.08419082818358929 · 0.003244421744771659 · 0.028162758042883474 · 0.003153752465443276
cudaq observables
0.18285582007977472 · 0.18281314036405794 · 0.18281314036405819 · 0.1828558200797749 · 0.18284558017976232 · 0.18284558017976232 · 0.0031147372906723007 · 0.028167639478487362 · 0.08419197879320782 · 0.028183708630555405 · 0.0032364943328155576 · 0.00320843526660749 · 0.02816763947848754 · 0.08417936103111388 · 0.02817977511321437 · 0.003114737290672296 · 0.028179775113214355 · 0.0841793610311142 · 0.003236494332815542 · 0.028183708630555415 · 0.0031458878914500344
max export observable error
0.00002205868983792095
max implementation probability error
1.4932499681208355e-14
qasm gate count
35676
qasm sha256
bdfa01e0ec1f140eeaa367146b1d29a1f27a499da27a71efd34462c91fbc45c6
ahs sha256
b06b5ddadc23e1c11b7065f7106dbf530e2bb8dc6e5b4add5423e211b692c021
pulse
times us
0 · 0.275 · 0.425 · 0.575 · 0.725 · 0.875 · 1.025 · 1.175 · 1.325 · 1.475 · 1.625 · 1.775 · 1.925 · 2.075 · 2.225 · 2.375 · 2.525 · 2.675 · 2.825 · 2.975 · 3.125 · 3.275 · 3.425 · 3.575 · 3.725 · 4
detuning rad per us
-4 · -4 · -0.309144 · -0.030546800000000002 · 0.24155040000000003 · -4 · 1.4032898 · -4 · 0.6210864 · -4 · 1.5369448 · -4 · 1.6755982000000003 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · 2.3515152 · -1.203409 · -3.894284 · -0.8818182000000001 · 0.7792208 · -2.8937816 · 0.159367 · 0.159367
id
chr3-8742912-8743168-beta
sample
chr3-8742912-8743168
reported CTCF peak
1
representation
beta
execution
cudaq-cpu
reference observables
0.20474047972893086 · 0.20457446008155486 · 0.2045744600815546 · 0.2047404797289309 · 0.20484261564181142 · 0.20484261564181117 · 0.0029117980446334473 · 0.04214216767113155 · 0.11474528484634534 · 0.04224647664725368 · 0.0032909827664358514 · 0.0031288912043906845 · 0.04214216767113162 · 0.11473305332911085 · 0.042190763113836634 · 0.0029117980446334395 · 0.04219076311383658 · 0.11473305332911064 · 0.0032909827664358736 · 0.042246476647253756 · 0.003106242329702768
cudaq observables
0.20474497717414963 · 0.20457907581038137 · 0.20457907581038168 · 0.20474497717414936 · 0.2048467993816644 · 0.20484679938166442 · 0.0029050615484189015 · 0.042134073605425294 · 0.11475273522815553 · 0.04223840907045401 · 0.0032834122915872408 · 0.003121831678703699 · 0.04213407360542508 · 0.11474044963098615 · 0.04218267791768966 · 0.0029050615484188845 · 0.042182677917689856 · 0.11474044963098584 · 0.0032834122915872343 · 0.042238409070454286 · 0.003098872960034266
max export observable error
0.000008092851107135886
max implementation probability error
1.582067810090848e-14
qasm gate count
35676
qasm sha256
f52611fb90770ad2a942b0e851d5dd865e0c0b13cd78e8353ec7eff0e956592f
ahs sha256
42614be9ce74d16465c687258e4a5a2f36dce77834f84d81782b68acf8949967
pulse
times us
0 · 0.275 · 0.425 · 0.575 · 0.725 · 0.875 · 1.025 · 1.175 · 1.325 · 1.475 · 1.625 · 1.775 · 1.925 · 2.075 · 2.225 · 2.375 · 2.525 · 2.675 · 2.825 · 2.975 · 3.125 · 3.275 · 3.425 · 3.575 · 3.725 · 4
detuning rad per us
-4 · -4 · 1.6915068 · 1.7713412000000002 · 1.0424394000000001 · -4 · 0.2148992 · -4 · 1.8204524000000002 · -4 · 0.8837384 · -4 · -0.2245582 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · 1.2571428 · -0.6732142000000001 · -3.8745098000000002 · -0.7 · 1.6816326000000001 · -3.328125 · 0.2148992 · 0.2148992
id
chr3-8742912-8743168-gamma
sample
chr3-8742912-8743168
reported CTCF peak
1
representation
gamma
execution
cudaq-cpu
reference observables
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cudaq observables
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max export observable error
0.00001902762714107814
max implementation probability error
9.908740494779522e-15
qasm gate count
35676
qasm sha256
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times us
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detuning rad per us
-4 · -4 · -0.1297754 · 0.532937 · 0.8751412000000001 · -4 · 1.914727 · -4 · 1.6190962000000002 · -4 · 0.26291660000000006 · -4 · -0.04355 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · 1.5091892000000002 · -0.5080406000000001 · -3.8831924000000004 · -0.5 · 2.4420078000000003 · -3.015794 · 1.2490602 · 1.2490602
id
chr3-8742912-8743168-epsilon
sample
chr3-8742912-8743168
reported CTCF peak
1
representation
epsilon
execution
cudaq-cpu
reference observables
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cudaq observables
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max export observable error
0.000023081191080757938
max implementation probability error
1.509903313490213e-14
qasm gate count
35676
qasm sha256
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pulse
times us
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detuning rad per us
-4 · -4 · -0.23865640000000002 · 0.3646242 · 0.6568856000000001 · -4 · 1.5773714 · -4 · 1.6686146000000002 · -4 · 1.1253626 · -4 · -0.20314740000000003 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · 3.1652174000000004 · 0.0875 · -3.8745098000000002 · -0.773913 · 1.604969 · -3.2015398000000004 · -0.09584 · -0.09584
id
chr3-8742912-8743168-shuffled
sample
chr3-8742912-8743168
reported CTCF peak
1
representation
shuffled
execution
cudaq-cpu
reference observables
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cudaq observables
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max export observable error
0.00001849196454243218
max implementation probability error
1.5765166949677223e-14
qasm gate count
35676
qasm sha256
f1fdfa4e0b6bc06eb7f858c4872eed3a54542a02ef629d967fdc73779e227af3
ahs sha256
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pulse
times us
0 · 0.275 · 0.425 · 0.575 · 0.725 · 0.875 · 1.025 · 1.175 · 1.325 · 1.475 · 1.625 · 1.775 · 1.925 · 2.075 · 2.225 · 2.375 · 2.525 · 2.675 · 2.825 · 2.975 · 3.125 · 3.275 · 3.425 · 3.575 · 3.725 · 4
detuning rad per us
-4 · -4 · 0.5532056 · -0.55 · -4 · 0.8968956000000001 · 2.4 · -1.2 · -4 · 0.7153336000000001 · -4 · -4 · 0.656362 · -4 · -4 · -3.8996078 · -3.1041666 · 0.8685622000000001 · -4 · -4 · -4 · 1.4857142 · 1.1311816000000001 · 0.5961898 · 1.1311816000000001 · 1.1311816000000001
id
chr3-8743680-8743936-ordinary
sample
chr3-8743680-8743936
reported CTCF peak
0
representation
ordinary
execution
cudaq-cpu
reference observables
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cudaq observables
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max export observable error
0.000050087001073455354
max implementation probability error
5.842548667089886e-15
qasm gate count
35676
qasm sha256
cda9338af73a8d9154f35f3bfd1a33cbe2d80ff1ce2e8f77794d90166ef9d50b
ahs sha256
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pulse
times us
0 · 0.275 · 0.425 · 0.575 · 0.725 · 0.875 · 1.025 · 1.175 · 1.325 · 1.475 · 1.625 · 1.775 · 1.925 · 2.075 · 2.225 · 2.375 · 2.525 · 2.675 · 2.825 · 2.975 · 3.125 · 3.275 · 3.425 · 3.575 · 3.725 · 4
detuning rad per us
0.5717228000000001 · 0.5717228000000001 · 0.48271580000000003 · -4 · 0.6551082 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · -0.8 · -0.8 · -1.425 · -4 · -2.8 · 0.26666660000000003 · -3.2625 · 0.6551082 · 0.6551082
id
chr3-8743680-8743936-fibonacci
sample
chr3-8743680-8743936
reported CTCF peak
0
representation
fibonacci
execution
cudaq-cpu
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cudaq observables
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max export observable error
0.00007747152541493026
max implementation probability error
7.854827899222983e-15
qasm gate count
35676
qasm sha256
1b67e1cd2c47c7137fb1552ceaf79619806bf24c7037b9e0afc553e6091ad050
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pulse
times us
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chr3-8743680-8743936-phi
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chr3-8743680-8743936
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phi
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cudaq-cpu
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35676
qasm sha256
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detuning rad per us
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chr3-8743680-8743936-alpha
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chr3-8743680-8743936
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alpha
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cudaq-cpu
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35676
qasm sha256
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detuning rad per us
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chr3-8743680-8743936-beta
sample
chr3-8743680-8743936
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beta
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qasm gate count
35676
qasm sha256
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pulse
times us
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detuning rad per us
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id
chr3-8743680-8743936-gamma
sample
chr3-8743680-8743936
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gamma
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cudaq-cpu
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35676
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detuning rad per us
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chr3-8743680-8743936-epsilon
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chr3-8743680-8743936
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epsilon
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max export observable error
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qasm gate count
35676
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detuning rad per us
-0.5215154000000001 · -0.5215154000000001 · -0.296887 · -4 · 0.4527122 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · -4 · -0.626087 · -0.4173914 · -0.9491848 · -4 · -2.6173914000000003 · 0.3594202 · -3.342663 · -0.4580698 · -0.4580698
id
chr3-8743680-8743936-shuffled
sample
chr3-8743680-8743936
reported CTCF peak
0
representation
shuffled
execution
cudaq-cpu
reference observables
0.30106787870498286 · 0.3010728754546842 · 0.30107287545468414 · 0.3010678787049831 · 0.30104871620578005 · 0.3010487162057802 · 0.007017873463800589 · 0.09082538617527695 · 0.10506253286942649 · 0.09101073844094072 · 0.006419201278688558 · 0.006652094491821359 · 0.09082538617527697 · 0.10506217627994488 · 0.09090424157949736 · 0.007017873463800582 · 0.09090424157949734 · 0.10506217627994492 · 0.006419201278688554 · 0.09101073844094078 · 0.006649863670652332
cudaq observables
0.301021255077003 · 0.3010262985868429 · 0.30102629858684327 · 0.30102125507700295 · 0.3010021770264365 · 0.3010021770264369 · 0.006996519110220574 · 0.09081225700746895 · 0.10502876710594836 · 0.09099765713428545 · 0.006398052653618096 · 0.006630905644330837 · 0.09081225700746909 · 0.1050284471529374 · 0.09089116905582464 · 0.006996519110220582 · 0.09089116905582495 · 0.10502844715293792 · 0.0063980526536180846 · 0.09099765713428555 · 0.006628612457827057
max export observable error
0.000046625229655591915
max implementation probability error
4.6629367034256575e-15
qasm gate count
35676
qasm sha256
bed8c2c0602bb412bf497ea5a1030812098a53477c6a1e53d928ef89ff78c9eb
ahs sha256
95188123eb3bcbb91993e409dce8f74ff3818fb7d01a31216aa6eb9f4cfddece
pulse
times us
0 · 0.275 · 0.425 · 0.575 · 0.725 · 0.875 · 1.025 · 1.175 · 1.325 · 1.475 · 1.625 · 1.775 · 1.925 · 2.075 · 2.225 · 2.375 · 2.525 · 2.675 · 2.825 · 2.975 · 3.125 · 3.275 · 3.425 · 3.575 · 3.725 · 4
detuning rad per us
-4 · -4 · 0.48271580000000003 · -1.425 · -4 · -4 · -0.8 · -2.8 · -4 · -4 · -0.8 · -4 · -4 · 0.5717228000000001 · -4 · -4 · -3.2625 · 0.6551082 · -4 · -4 · -4 · 0.26666660000000003 · -4 · -4 · 0.6551082 · 0.6551082

scope

One reported CTCF peak window and one nearby non-peak window, each prepared eight ways. Local numerical preparation only; two samples cannot establish binding-prediction accuracy.

Wolfram

Reuses the previously checked Hamiltonian family. No fresh Wolfram service evaluation.

q Braid

submitted: false
reason: No new paid credit allowance; local CUDA-Q execution used.

Aquila

submitted: false
reason: Owner disabled new Aquila submissions today.
requires: Fresh device validation and explicit allowance before submission.

reused gpu aquila

sha256

9fe40670c064ca9f3d2bc76f6b73a99311421b4939a885a178124e1e71881544

wolfram

mode: cached_template_verification
program: chr3-8752896-8753152-ordinary
passed: true
maximum probability error: 7.257771376945055e-9
receipt sha256: 5fe58d4ccbfc4b69d36c4955cf40e7697a8098ed3246b7bad6cbcadbdbbf9e72
physical model sha256: 6f4c108202cf5ea103c13d8b80a4e0a269c708ac92d1ea4b652006a67acb7262
scope: Saved ordinary-input program; no new remote Wolfram call or new Hamiltonian validation claimed.

rows

sample
chr3-8752896-8753152
representation
ordinary
simulation mean
0.3016666666666667
Aquila mean
0.25510204081632654
reference mean
0.2972165941120539
Aquila change percentage points
0
sample
chr3-8752896-8753152
representation
fibonacci
simulation mean
0.28
Aquila mean
0.21717171717171715
reference mean
0.2748087531131463
Aquila change percentage points
-3.793032364460938
sample
chr3-8752896-8753152
representation
phi
simulation mean
0.2783333333333334
Aquila mean
0.24131944444444445
reference mean
0.2688469682614885
Aquila change percentage points
-1.3782596371882088
sample
chr3-8752896-8753152
representation
alpha
simulation mean
0.2833333333333334
Aquila mean
0.203125
reference mean
0.28111071249328123
Aquila change percentage points
-5.197704081632653
sample
chr3-8752896-8753152
representation
beta
simulation mean
0.2883333333333334
Aquila mean
0.24226804123711343
reference mean
0.2912929479467206
Aquila change percentage points
-1.2833999579213107
sample
chr3-8752896-8753152
representation
gamma
simulation mean
0.29833333333333334
Aquila mean
0.2638888888888889
reference mean
0.3146403274328215
Aquila change percentage points
0.8786848072562359
sample
chr3-8752896-8753152
representation
epsilon
simulation mean
0.3016666666666667
Aquila mean
0.2916666666666667
reference mean
0.31770366600623073
Aquila change percentage points
3.656462585034015
sample
chr3-8752896-8753152
representation
shuffled
simulation mean
0.27666666666666667
Aquila mean
0.2754385964912281
reference mean
0.28120871076145454
Aquila change percentage points
2.0336555674901557
sample
chr3-8745472-8745728
representation
ordinary
simulation mean
0.21166666666666664
Aquila mean
0.18070175438596492
reference mean
0.19366276748557543
Aquila change percentage points
0
sample
chr3-8745472-8745728
representation
fibonacci
simulation mean
0.215
Aquila mean
0.19415807560137455
reference mean
0.19352774497750133
Aquila change percentage points
1.3456321215409628
sample
chr3-8745472-8745728
representation
phi
simulation mean
0.21499999999999997
Aquila mean
0.17361111111111113
reference mean
0.19181574999115006
Aquila change percentage points
-0.7090643274853786
sample
chr3-8745472-8745728
representation
alpha
simulation mean
0.18000000000000002
Aquila mean
0.15087719298245614
reference mean
0.1691344536029761
Aquila change percentage points
-2.982456140350878
sample
chr3-8745472-8745728
representation
beta
simulation mean
0.18500000000000003
Aquila mean
0.16145833333333334
reference mean
0.17618737236750492
Aquila change percentage points
-1.9243421052631575
sample
chr3-8745472-8745728
representation
gamma
simulation mean
0.24166666666666667
Aquila mean
0.17368421052631577
reference mean
0.22444963615407762
Aquila change percentage points
-0.7017543859649145
sample
chr3-8745472-8745728
representation
epsilon
simulation mean
0.26333333333333336
Aquila mean
0.16494845360824742
reference mean
0.2544423008082389
Aquila change percentage points
-1.57533007777175
sample
chr3-8745472-8745728
representation
shuffled
simulation mean
0.26166666666666666
Aquila mean
0.29032258064516125
reference mean
0.267420073461925
Aquila change percentage points
10.962082625919633

new Aquila jobs

0

new q Braid jobs

0

meaning

Fraction of atoms excited under the programmed pulse; not binding probabilities. All provider measurements here are reused from 25 October 2026.

interpretation

answer: There is no demonstrated benefit yet for predicting binding around OXTR. Adding Fibonacci and Phi Ratio features gave an inconclusive result. The new classical test did not evaluate biological prediction by M9 P24 Alpha, Beta, Gamma or Epsilon. This pilot concerns CTCF, one DNA-binding protein measured in one stem-cell context, not transcription factors generally.
what we did: The agent completed a comparison of ordinary DNA binding-pattern and spacing features, with and without Fibonacci/Phi Ratio features. It learned on chromosome 1, chose the method on chromosome 2 and tested OXTR on chromosome 3, without seeing OXTR laboratory answers during learning or selection. The agent also prepared a new matched pair of DNA windows: one overlapping a reported CTCF peak and one comparison window. For each, it compiled the same DNA eight ways—ordinary, Fibonacci, Phi Ratio, Alpha, Beta, Gamma, Epsilon and shuffled controls—and completed 16 local CUDA-Q CPU checks.
meaning: At OXTR, average precision rose from 0.0719 to 0.0739. This is a ranking score, not percent accuracy. The uncertainty range for the change extended from −0.0263 to +0.0082, leaving benefit unresolved; the noisy increase establishes no advantage. The pilot covered only five OXTR peak regions and used laboratory data with quality warnings. Saved CUDA-Q/Aquila readings describe programmed atom excitation, not binding probabilities; the two saved samples overlap none of those peaks, so they do not validate binding prediction. The new matched pair checks programs, not predictive performance.
next dependency: A larger quantum prediction test still needs more matched quantum measurements linked to laboratory binding results, and a larger independent biological test remains necessary. Today’s instruction prohibits new Aquila submissions; none were made, and no new quantum jobs were submitted. Fresh device validation and explicit allowance are required before Aquila submission; new paid qBraid work also lacks a credit allowance. This is an automated preliminary report, with Gemini oversight deferred. The inconclusive result usefully separates completed program checks from evidence of predictive benefit.

review

status: automated_preliminary
Gemini: deferred_by_owner

execution

task id

d9dcc3f7-4091-4ce8-97f8-905102574f1d

model

gpt-6-astra

model response id

resp_0146319c05283545016add8c1849d887d087c2402026b351c9

model tokens

4252

completed at

2026-10-25T04:57:05.713254+00:00

spend

new Aquila USD: 0
new q Braid credits: 0

field guide

coordinate system: GRCh38, zero-based start, end exclusive; each DNA window has 256 bases.
reported CTCF peak: 1 means overlap with an ENCODE CTCF peak in GM23338 iPSCs; 0 means no reported peak, not proven absence.
ordinary score: Uncalibrated classifier ranking score, not measured binding probability.
Fibonacci Phi score: Ranking from classical motif/spacing plus Fibonacci and Phi Ratio features, not a quantum prediction.
average precision: Area under the precision-recall step curve; rank measure, not percentage accuracy.
block bootstrap 95 interval: Descriptive interval from 1,000 genomic block resamples, excluding samples containing only one class.
cudaq observables: Six excitation probabilities followed by fifteen pair excitation probabilities. New local CPU simulation; not cloud GPU or QPU measurements.

source sha256

0: 7394b02ddb3664b93adb468a1c75f56c41adda0de9394c30f318ae17f59fd2d2
1: ee5624447f4852f48ddf34c03a7d41c5ec7ebf9e86e7c0b93888eb6ad483ec68
2: 4005b5449ba07d9b58495f51143186e7e3959efd0ad670770fbddf57bf941e8f
3: 75d5ec59de19ef4832475f26d18060e722371b3adf6f846f7df988c9e324f4ad
4: e2e8c1ba5faa8cda35dd35ff8efde4cbf4399660f7ab049662430d328e914670
recorded quantum: 9fe40670c064ca9f3d2bc76f6b73a99311421b4939a885a178124e1e71881544

revision

r1